A Universidade Federal de Uberlândia foi fundada em 1969, com a associação de diversas faculdades isoladas como a Faculdade de Engenharia, a Escola de Medicina, entre outras. Em 1978 ocorreu sua federalização, ocasião em que sua organização acadêmica e  administrativa foi estruturada em três centros: Centro de Ciências Exatas e Tecnologia, CETEC; Centro de Ciências Humanas e Artes, CEHAR; e Centro de Ciências Biológicas, CEBIM.

A Faculdade de Computação (FACOM) da Universidade Federal de Uberlândia foi criada em 2000, a partir do extinto Departamento de Informática (DEINF), criado em 1988, no âmbito do CETEC, com docentes provenientes dos departamentos de Engenharia Elétrica e de Matemática. As atividades acadêmicas do DEINF estiveram intimamente ligadas ao desenvolvimento do Curso de Bacharelado em Ciência da Computação (BCC), criado também em 1988, sendo este curso o marco inicial da FACOM. No início dos anos 2000 foi criado na Faculdade o Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação, inicialmente com o curso de Mestrado Acadêmico. A FACOM continuou sua expansão criando em 2009 o Curso de Bacharelado em Sistema de Informação (BSI) no Campus Santa Mônica, em Uberlândia e, em 2010, no Campus de Monte Carmelo. No ano de 2011 foi aprovado pela CAPES o Curso de Doutorado em Ciência da Computação, em reconhecimento a destacada produção científica da FACOM em diversas áreas da computação.